Nhật Bản nằm ở phía Đông của châu Á, phía Tây của Thái Bình Dương, do bốn quần đảo độc lập hợp thành. Bốn quần đảo đó là: quần đảo Kuril (Nhật Bản gọi là quần đảo Chishima), quần đảo Nhật Bản, quần đảo Ryukyu, và quần đảo Izu-Ogasawara. Những quốc gia và lãnh thổ lân cận ở vùng biển Nhật Bản là Nga, Bắc Triều Tiên, Hàn Quốc; ở vùng biển Đông Hải là Trung Quốc, Đài Loan; đi xa hơn về phía Nam là Philippines và quần đảo Bắc Mariana.

Vì là một đảo quốc, nên xung quanh Nhật Bản toàn là biển. Nhật Bản không tiếp giáp quốc gia hay lãnh thổ nào trên đất liền. Tuy nhiên, bán đảo Triều Tiên và bán đảo Sakhalin (Nhật Bản gọi là Karafuto) chỉ cách các đảo chính của Nhật Bản vài chục km.

Xét theo kinh độ và vĩ độ, các điểm cực của Nhật Bản như sau:

• Điểm cực Đông: 24°16′59″B 153°59′11″Đ / 24,28306°B 153,98639°Đ / 24.28306; 153.98639.
• Điểm cực Tây: 24°26′58″B 122°56′1″Đ / 24,44944°B 122,93361°Đ / 24.44944; 122.93361.
• Điểm cực Bắc: 45°33′21″B 148°45′14″Đ / 45,55583°B 148,75389°Đ / 45.55583; 148.75389.
• Điểm cực Nam: 20°25′31″B 136°04′11″Đ / 20,42528°B 136,06972°Đ / 20.42528; 136.06972.

Trên biển, Nhật Bản có vùng đặc quyền kinh tế với đường viền danh nghĩa cách bờ biển 200 hải lý, song trên thực tế ở các vùng biển Nhật Bản và biển Đông Hải thì phạm vi hẹp hơn nhiều do đây là các biển chung. Tương tự, vùng lãnh hải của Nhật Bản không phải hoàn toàn có đường viền cách bờ biển 12 hải lý. Đường bờ biển của Nhật Bản có tổng chiều dài là 33.889 km.